Jan II, pod zwierzchnictwem tureckim, zachował władzę nad częścią wschodnią (Wschodnie Królestwo Węgier), natomiast Habsburgowie uzyskali zachodnią (Królewskie Węgry). Na mocy układu w Spirze z 1570 roku Jan Zygmunt zrzekł się tytułu królewskiego i jako władca wschodniej części Królestwa Węgier został pierwszym księciem Siedmiogrodu.
Księstwo Siedmiogrodu thumb|Podział i zmiany granic Siedmiogrodu na przestrzeni wieków Po śmierci Jana II władzę nad Siedmiogrodem przejął ród Báthory, który panował do roku 1601. Pierwszym z książąt został późniejszy polski król Stefan Batory. Siedmiogrodzki parlament edyktem z Turdy wprowadził swobodę religijną i tolerancję dla wszystkich głównych wyznań obecnych w państwie siedmiogrodzkim. W 1601 roku księstwo przejściowo znalazło się pod władzą Rudolfa II Habsburga, który usiłował zaprowadzić w księstwie kontrreformację. W latach 1604–1606 Stefan Bocskay przeprowadził udane powstanie przeciwko panowaniu austriackiemu i został wybrany 5 kwietnia 1603 roku księciem Siedmiogrodu. 23 czerwca 1606 roku zawarł tzw.