Twórczość Lütkemann pisał zarówno muzykę wokalną, jak i instrumentalną. Jeszcze za jego życia, w Szczecinie wydane zostały dwie księgi jego kompozycji: zbiór pieśni niemieckich i łacińskich, fantazji i innych utworów (1597) zbiór Motetae aliquot... zawierający 6-głosowy motet Patria rara tibi lucent iam lumnia oraz 5-głosowe pieśni i utwór instrumentalny (1605) Dużo więcej kompozycji znalazło się w pośmiertnym zbiorze wydanym we Frankfurcie nad Odrą w roku 1616, przez oficynę Friedricha Hartmanna. Zbiór obejmował pieśni kościelne, opracowane na 4, 5 i 6 głosów, przeznaczone na wszystkie niedziele i święta roku liturgicznego. Ponadto Lütkemann komponował wiele drobnych utworów okazjonalnych, co wynikało z jego zatrudnienia.
Najważniejszym dokonaniem Lütkemanna są jego fantazje chorałowe zawarte w zbiorze z roku 1597. Fantazje te są rzadkim w tamtej epoce przykładem instrumentalnego opracowania melodii chorałowych, a czasem też popularnych pieśni. Kompozycje te przeznaczone na instrumenty smyczkowe, w większości 5-głosowe, cechują się zaawansowaną, imitacyjną polifonią, niekiedy nowatorskimi rozwiązaniami formalnymi, oraz swobodnym traktowaniem źródłowej melodii, która bywa ozdabiana, przetwarzana rytmicznie, lub urozmaicana krótkimi wstawkami. Czasem też pojawia się fragmentarycznie w różnych głosach.