W 1769 Oeder opublikował klucz, który miał posłużyć do usystematyzowania publikacji po zakończeniu gromadzenia danych. Systematyka miała się opierać na pracy Karola Linneusza „Systema Naturae”, jednak kolejne zeszyty wydawane były z zawartością nijak nie uporządkowaną. Dopiero w 1887 Johan Lange opublikował spisy alfabetyczne, systematyczne i chronologiczne wszystkich miedziorytów pod tytułem Nomenclatora Flora Danica.
Kolejne zeszyty atlasu ukazywały się w miarę postępu prac. Znajdowały się w nich głównie ilustracje odbijane z miedzianych tablic. Publikowano je w dwóch wersjach: wersja tańsza zawierała jedynie odbitki jednokolorowe, wersja droższa była ręcznie kolorowana. Wydanie tańszych egzemplarzy umożliwiło zapoznanie się z publikacją ludziom mniej zamożnym. Dodatkowo sprzedaż była dotowana z królewskiego skarbca. Zakładane wcześniej uzupełnianie rycin informacją tekstową nie zostało zrealizowane i z wyjątkiem pierwszego zeszytu pozostałe składały się w zasadzie wyłącznie z rycin. W efekcie ukazało się zaledwie 366 stron tekstu. Nie zamieszczono zapowiadanych opisów właściwości leczniczych, czy innych walorów użytkowych roślin.
Ogółem ukazało się 51 zeszytów (Hæfte) oraz trzy dodatki (Supplementshæfte). Każdy zeszyt zawierał 60 rycin.