W październiku 2002 – w meczu z wenezuelskim Nacionalem Táchira (2:1) – był autorem pierwszego gola strzelonego przez Pumas w historii występów tego zespołu w Copa Libertadores.

W wiosennym sezonie Clausura 2004 Beltrán zdobył z Pumas pierwszy po trzynastu latach przerwy tytuł mistrza Meksyku, zaś kolejne mistrzostwo kraju wywalczył już pół roku później, podczas jesiennego sezonu Apertura 2004. W tym samym roku, jako kapitan ekipy prowadzonej przez Hugo Sáncheza, zdobył również superpuchar Meksyku – Campeón de Campeones oraz triumfował w prestiżowym towarzyskim turnieju o Trofeo Santiago Bernabéu, kiedy to jego zespół pokonał Real Madryt (1:0). W 2005 roku zajął natomiast z Pumas drugie miejsce w superpucharze, dotarł do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF oraz południowoamerykańskiego Copa Sudamericana.

Ogółem Beltrán w Pumas spędził dziesięć lat – jest uznawany za jedną z klubowych legend i zapamiętany jako kapitan zespołu z jego „złotej epoki”;