Bezpośrednio po tym odszedł do beniaminka ligi – drużyny Querétaro FC, w której barwach spędził półtora roku bez większych sukcesów jako podstawowy gracz i kapitan. W lipcu 2011 – po pół roku bezrobocia – w wieku 34 lat zakończył piłkarską karierę.
Po zakończeniu kariery (w latach 2011–2014) Beltrán pracował jako komentator piłkarski w stacji Televisa Deportes. W latach 2014–2017 był prezydentem sportowym swojego byłego klubu Querétaro FC. Za jego kadencji zespół zdobył pierwsze trofea w swojej historii – puchar Meksyku (Copa MX) i superpuchar Meksyku (Supercopa MX).
Kariera reprezentacyjna W czerwcu 1997 Beltrán został powołany przez szkoleniowca José Luisa Reala do reprezentacji Meksyku U-20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Świata w Malezji. Tam miał niepodważalne miejsce w wyjściowym składzie, tworząc pewny duet stoperów z Ignacio Hierro i rozegrał wszystkie cztery spotkania w pełnym wymiarze czasowym. Meksykanie odpadli natomiast ze światowego czempionatu w 1/8 finału, pechowo (gol stracony w doliczonym czasie) przegrywając z Francją (0:1).