Paul Kagame zreorganizował siły ok. 2 tys. bojowników i zdecydował się na wojnę partyzancką w północnej części kraju. Przeprowadził bojówki z powrotem do Ugandy, a następnie osiadł w lasach gór Wirunga. Rebelianci spędzili tam dwa miesiące. W tym czasie rekrutowano ludzi z plemiona Tutsi. W wyniku tego liczba rebeliantów wzrosła najpierw o 5 tys. ludzi. W 1992 liczba bojowników wyniosła 12 tys., a w 1994 – 25 tys.. right|250px|thumb|Widok na Ruhengeri Pierwszym celem rebeliantów było miasto Ruhengeri. Miasto zostało zdobyte 23 stycznia 1991. Uwolniono wówczas więźniów politycznych przetrzymywanych w mieście, przechwycono duże ilości broni i sprzętu sił rządowych, by później powrócić do lasu, gdzie założono kompleks obozów. Następnie rebelianci rozpoczęli typową wojnę partyzancką. Początkowo walki miały niski pozom intensywności. W 1991 zaczęło nadawać radio Muhabura. Był to główny instrument propagandy rebeliantów. Począwszy od 1992 radio było monitorowane przez BBC. W ciągu kilku najbliższych miesięcy miały miejsce liczne próby zawieszenia broni.