W kolejnych, jesiennych rozgrywkach Apertura 2006 zdobył natomiast z Chivas tytuł mistrza Meksyku. Było to zarazem wyjątkowe mistrzostwo dla klubu obchodzącego wówczas setną rocznicę powstania, gdyż dzięki niemu ekipa Guadalajary objęła prowadzenie w klasyfikacji najbardziej utytułowanych klubów meksykańskich na arenie krajowej. On sam został natomiast wybrany w plebiscycie Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej trenerem sezonu. W 2007 dotarł z Chivas do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF. We wrześniu 2007 został zwolniony ze stanowiska wskutek słabszej formy drużyny i różnicy zdań z zarządem klubu.
W czerwcu 2008 De la Torre objął rolę trenera zespołu Deportivo Toluca, zastępując w nim José Pekermana. Tam już w pierwszym sezonie – Apertura 2008 – zdobył z nim swoje drugie w roli trenera mistrzostwo Meksyku. Wówczas również po raz drugi został odznaczony przez Meksykański Związek Piłki Nożnej nagrodą dla najlepszego trenera ligi meksykańskiej. Podczas jego kadencji Toluca powróciła do grona najlepszych klubów w kraju. W wiosennym sezonie Bicentenario 2010 wywalczył ze swoim zespołem kolejny, już trzeci w swojej karierze trenerskiej (a szósty ogółem) tytuł mistrza Meksyku. Po raz trzeci został także wybrany na trenera sezonu.