W latach panowań Stefana Batorego i Zygmunta III, aż do śmierci w 1596 roku stałą rezydentką zamkową była królowa Anna JagiellonkaM. Bogucka, Anna Jagiellonka, Warszawa 1964; J. Besala, Stefan Batory, Warszawa 1992..
XVII wiek Niemal od początku panowania króla Zygmunta III Wazy Warszawa i Zamek z racji swego dogodnego położenia były miejscem dłuższych pobytów dworu królewskiego. Stąd Zygmunt III podejmował wyprawy do Szwecji, spływając Wisłą do Gdańska (1593-94, 1598), tu też zwoływał sejmy, na które dojeżdżał z Krakowa. Po śmierci Anny Jagiellonki król zyskał swobodę dysponowania Zamkiem; problemy szwedzkie zatrzymywały go tu na dłużej. Po 1598 roku dążenie do odzyskania ojczystej korony stało się ważnym celem polityki Zygmunta. W takich okolicznościach zapadła decyzja o przeniesieniu dworu na stałe do Warszawy i o zasadniczej rozbudowie ZamkuH. Wizner, Zygmunt III Waza, Wrocław 1971; M. Wrede, Warszawa i Mazowsze w podróżach królów polskich XVI i XVII wieku, w: Mazowsze na pograniczu kultur w średniowieczu i nowożytności (Materiały z konferencji, Pułtusk, 14–15 września 2007 r.), red. Marian Dygo, Pułtusk 2007, s. 147–180..