W programie wystawienniczym obecne są stałe cykle: sztuka awangardy i wczesnego modernizmu pierwszej połowy XX w., polscy artyści tworzący za granicą, laureaci grand prix Międzynarodowego Triennale Grafiki w Krakowie, mistrzowskie grafiki ze zbiorów Gabinetu Rycin i Biblioteki Polskiej Akademii Umiejętności, fotografia XX w., wybitni architekci pierwszej połowy XX w. mały|243x243px|Hodowla, 2010 Rogaliński, Praca kobiety nigdy się nie kończy, Międzynarodowe Centrum Kultury w Krakowie, 2013
Konferencje Organizacja specjalistycznych, interdyscyplinarnych konferencji i seminariów o zasięgu międzynarodowym łączy się bezpośrednio z realizowaną przez MCK misją badawczą. Ich tematyka oscyluje wokół zagadnień związanych z szeroko pojętym dziedzictwem kulturowym. Wiele z nich realizowana jest we współpracy z zagranicznymi organizacjami i instytucjami partnerskimi, m.in. z Radą Europy, Europa Nostra, Międzynarodową Radą Ochrony Zabytków (ICOMOS), Zentralinstitut für Kunstgeschichte w Monachium, Riksantikvaren Directoriate General for Cultural Heritage w Oslo, Indian National Trust for Art and Cultural Heritage (INTACH) w New Delhi, a także instytutami kultury i placówkami dyplomatycznymi. Odbywają się nie tylko w przestrzeniach kamienicy „Pod Kruki”, ale także za granicą, m.in.