Tego samego władze wysłały do Andiżanu wojska wewnętrzne, które otworzyły ogień do protestujących. Około godziny siedemnastej uzbeckie siły rządowe zamknęły plac. Po ucieczce protestujących na północ miasta, siły rządowe zaatakowały tłum. Według niepotwierdzonych nigdy danych wojsko zabiło od 800 do 1500 osób. Według oficjalnych danych w zamieszkach zginęło 187 osób. Zdaniem władz większość ofiar stanowili „uzbrojeni terroryści”. Wielu mieszkańców miasta uciekło do Kirgistanu. Z Biszkeku uchodźców zabrano do Rumunii, a następnie przyznano im schronienie w Europie i Stanach Zjednoczonych.
Po masakrze w Andiżanie oskarżono prezydenta Isloma Karimova o sprowokowanie zajść. Władze początkowo twierdziły, że protestujących zabili uzbrojeni bojownicy. W lutym 2020 roku zastępca prokuratora generalnego Uzbekistanu Swietłana Artikowa przyznała, że za wydarzeniami w Andiżanie stoją siły rządowe.