Została pochowana 12 listopada. Pogrzebowi przewodniczyła Maria Tudor, w orszaku było 29 żałobnic, po jednej na każdy rok jej życia. Jako jedyna z żon Henryka została pochowana jako królowa. Po jej śmierci Henryk ubierał się na czarno przez trzy miesiące, a do następnego ślubu minęły trzy lata, choć – wbrew legendzie – poszukiwania następnej żony i negocjacje w tej sprawie zaczęły się wkrótce po śmierci Jane. Jako jedyna z królowych-małżonek Henryka VIII Jane spoczywa z nim we wspólnym grobie w Kaplicy św. Jerzego na zamku Windsor, w prezbiterium. Na życzenie króla, po jego śmierci (która nastąpiła 10 lat później) pochowano go razem z nią. Otwarto kryptę i wstawiono tam ołowianą trumnę Henryka (miał prawie 1,90 m wzrostu i ważył pod koniec życia ok. 140 kg). Sto lat później wstawiono do krypty trumnę zdekapitowanego króla Karola I. Ostatni pochówek w krypcie Jane Seymour miał miejsce w roku 1695, umieszczono tam wówczas trumnę jednego z licznych dzieci księżniczki Anny Stuart. Potem, przy przebudowie kaplicy po pożarze, zapomniano o krypcie i odkryto ją przypadkiem dopiero w 1813. Trumna Henryka pękła (czy też została rozbita i obrabowana za czasów Cromwella) i było widać jego szkielet, trumnę Karola I otwarto z rozkazu Księcia Regenta, ale szczątki Jane pozostawiono w spokoju.