Pod koniec grudnia 1991 doszło do walk między przeciwnikami i zwolennikami Gamsachurdii. Parlament został rozwiązany, a Domuchowski był zmuszony do ucieczki z kraju. Od 1992 przebywał w Czeczenii, a następnie w Azerbejdżanie, gdzie pełnił funkcję przedstawiciela władz emigracyjnych. W Baku mieszkał razem z rodziną. 6 kwietnia 1993 został uprowadzony przez gruzińskie służby specjalne. Był przetrzymywany w areszcie w Tbilisi, gdzie poddawano go brutalnym przesłuchaniom. Postawiano mu m.in. zarzuty zorganizowania zamachu terrorystycznego oraz dowodzenia grupą zbrojną. 7 marca 1995 skazano go na 14 lat kolonii karnej.
W 1996 jego żona, Rusudan Kikalejszwili, wraz z dwoma synami wyjechała do Polski, gdzie złożyła wniosek o nadanie statusu uchodźcy. Sprawą męża zainteresowała opinię publiczną, m.in. Helsińską Fundację Praw Człowieka oraz ministra spraw zagranicznych Bronisława Geremka. 23 listopada 1998 w czasie wizyty w Tbilisi Geremek spotkał się z prezydentem Gruzji Eduardem Szewardnadze i nakłonił go do zwolnienia Domuchowskiego z więzienia. 1 grudnia 1998 Domuchowski został sprowadzony do Warszawy.