Teren obecnego Paragwaju został odkryty w roku 1524 przez Portugalczyka Aleixo Garcię i Włocha Sebastiano Caboto, działających na służbie Korony hiszpańskiej. Przyszłą stolicę, Asunción, założył w roku 1537 Juan de Salazar y Espinosa. Prowincję zorganizował dla Korony hiszpańskiej pod koniec lat 30. XVI wieku Juan de Ayolas. W ten sposób rozpoczęła się długa historia kolonialna Paragwaju – aż do roku 1811, gdy kraj uniezależnił się od Hiszpanii.
Do 1864 r. thumb|upright=1.3|Lokalizacja Redukcji Pierwotnie obszar współczesnego Paragwaju zamieszkiwali Indianie, w szczególności Guarani. W 1. połowie XVI rozpoczęło się osadnictwo europejskie przez Hiszpanów; w 1537 roku założyli miasto Asunción. Chrystianizację Indian powierzono jezuitom, których misje (reducciones) poskutkowały powstaniem quasi-państwa, zwanego potocznie Republiką Guaranów. Do czasu likwidacji zakonu w 1767 władzę, zarówno duchowną, jak i świecką, sprawowali jezuici. Zanim do tego doszło, przez blisko 150 lat zarządzali blisko 150 tys. Indian Guarani w około 30 reducciones. Po likwidacji zakonu państwo przeszło we władanie ówczesnej Hiszpanii. Do 1776 administracyjnie należało do Wicekrólestwa Peru, a następnie Wicekrólestwa La Platy. W latach 1717–1735 Paragwaj był objęty antykrólewskim powstaniem comuneros (Revolución Comunera).