W 1840 roku został delegatem na zgromadzenie stanowe w Monachium, gdzie bronił praw Kościoła luterańskiego, jednak w 1845 roku jego przeciwnikom udało odsunąć się go na dalszy plan. W tymże roku został jednak profesorem teologii na Uniwersytecie w Lipsku, gdzie jego działalność osiągnęła swój szczytowy punkt. W Saksonii myśl racjonalistyczna była wciąż silna, jednak błyskotliwa osobowość Harlessa i głębokość, z jaką prezentował Ewangelię, pomogła szybko ją zwalczyć i jego wpływ na studentów okazał się nie mniejszy niż w Erlangen. W Lipsku po raz pierwszy wykładał dogmatykę, a także został kaznodzieją w kościele św. Mikołaja.
W 1850 roku przeniósł się do Drezna, gdzie objął wysokie funkcje w Kościele i państwie, jednak dwa lata później został mianowany przez króla Maksymiliana II przewodniczącym konsystorza w jego rodzimej Bawarii. Harless zwalczył tam resztki racjonalizmu i wprowadził nowy śpiewnik reprezentujący punkt widzenia ortodoksyjnego luteranizmu, wprowadzono też, choć nie bez problemów, nowy porządek kościelny. Doszedł do znaczącej pozycji w całym Kościele luterańskim.
W ostatnich latach życia Harless prawie całkowicie utracił wzrok.