W październiku 1851 roku Walther i Löhe spotkali się, by przedstawić swoje poglądy, jednak ich poglądy na temat ordynacji okazały się trudne do pogodzenia. Zjednoczenia amerykańskiego luteranizmu nie udało się osiągnąć.
W 1853 roku Walther założył Towarzystwo Biblijne w St. Louis, którego przewodniczącym był do końca życia. W 1855 założył czasopismo „Lehre und Wehre”. W 1864 roku ponownie został prezydentem Synodu, którym był do 1878 roku. W 1872 roku stanął też na czele konferencji synodalnej skupiającej wszystkich zachodnich luteranów o poglądach zbliżonych do Synodu Missouri.
Walther był nie tylko działaczem kościelnym, ale i autorem wielu dzieł teologicznych. Doprowadził też do powstania komisji śpiewnikowej, która w 1847 roku opracowała nowy zbiór pieśni, Kirchengesangbuch für Evangelisch-Lutherische Gemainden ungeaenderter Augsburgischer KonfessionPiotr Kalinowski: LCMS: konserwatyzm po luterańsku. Magazyn Teologiczny Semper Reformanda, 24 stycznia 2004. [dostęp 2010-07-10]..