Był ponadto członkiem Komisji dla Badań w Zakresie Historii Literatury i Oświaty w Polsce AU (1884, sekretarz 1902–1903), członkiem Komisji Języka Polskiego AU (1918), przewodniczącym Komisji do Badań w Zakresie Historii Literatury i Oświaty w Polsce PAU (1927–1931), przewodniczącym Komitetu Pisarzów Polskich PAU (1927–1931) oraz dyrektorem zbiorów i wydawnictw Komisji Historii Literatury Polskiej PAU (1930–1931). W latach 1906–1913 redagował „Przewodnik Bibliograficzny”.
thumb|240px|Grób Jana Czubka na cmentarzu Rakowickim Został pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera GD).
Działalność W pracy naukowej zajmował się bibliotekoznawstwem, edytorstwem, historią literatury polskiej oraz filologią klasyczną. Zbadał zbiory rękopisów biblioteki Branickich w Suchej, Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego, warszawskich kolekcji Zamoyskich i Krasińskich, lwowskich zbiorów Biblioteki Uniwersytetu, Ossolińskich, Pawlikowskich, Baworowskich i Poturzyckich. Pracował nad uporządkowaniem i udostępnieniem zbiorów Biblioteki AU. Udało mu się dotrzeć do nieznanych wcześniej danych o pisarzach polskich z XVI i XVII wieku, m.in. Wacławie Potockim, Wespazjanie Kochowskim, Janie Chryzostomie Pasku. Przygotował wydania wielu dzieł literackich polskich i zagranicznych, m.in.