W latach 1966–89 funkcjonowały prężne ośrodki religioznawcze w instytucjonalnych strukturach naukowych i uniwersyteckich takie jak: Zakład Filozofii i Socjologii Religii w IFiS PAN w Warszawie, Zakład Religioznawstwa i Polityki Wyznaniowej w WSNS, przekształcony następnie w Instytut Religioznawstwa ANS w Warszawie, Instytut Religioznawstwa UJ (utworzony w 1974), Podyplomowe Studium Religioznawstwa UW, Katedra Religioznawstwa WAP i wiele Zakładów Filozofii Religii, Socjologii Religii i Zakładów Religioznawstwa w strukturach wyższych uczelni. Towarzystwo w tym okresie, zgodnie ze statutem, koncentruje się na organizacji życia naukowego, upowszechnianiu badań i wiedzy religioznawczej oraz na działalności wydawniczej.
Towarzystwo do 1989 było organizatorem i współorganizatorem wielu międzynarodowych i ogólnopolskich konferencji, które były poświęcone m.in. problematyce: definicji religii (1958), metodologicznej i filozoficznej krytyce religii (1958), religioznawstwa w Polsce (1964), religioznawstwa radzieckiego (1967), religioznawstwa w kontekście nauk społecznych (1989 – wspólnie z Międzynarodowym Stowarzyszeniem Historii Religii).
W tym czasie PTR opublikowało: