Sejm Augsburski z 1530 roku zakończył urzędowaniu Rhegiusa w tym mieście. Dzień po swoim pojawieniu się w mieście, cesarz zawiesił w urzędowaniu wszystkich kaznodziejów ewangelickich. Przed końcem sierpnia przyjął propozycję księcia Ernesta, księcia Lüneburga, by został proboszczem w Celle. Brał udział w spotkaniu Filipa Melanchtona z Marcinem Bucerem, przedstawił też serię artykułów do zaakceptowania Lutrowi, którego spotkał w Coburgu i który zrobił na Rhegiusie duże wrażenie. Terytorium Lüneburg było już pozyskane dla luteranizmu, z wyjątkiem samej stolicy, jednak wiele było jeszcze do zrobienia. W 1531 roku Rhegius został superintendentem i głosił kazania w Lüneburgu, opracował też nowy porządek kościelny, który został jednak wprowadzony dopiero we wrześniu 1532 roku. Jako superintendent dbał, by zbory miały dobrych kaznodziejów i pilnował, by ci, którzy już sprawowali urzędy, pełnili swą posługę właściwie. Jego aktywność wychodziła poza granice księstwa, zwłaszcza w zakresie reformy klasztorów. Po zwycięstwie reformacji w Hanowerze w 1536 roku przyczynił się do odnowy tamtejszego życia religijnego, a miasto przyjęło jego porządek kościelny. Działał także w miastach Minden, Soest i Lemgo, zdecydowanie sprzeciwiał się anabaptystom, którzy w północnych Niemczech znaleźli licznych sympatyków.