Pożar w 1624 dopełnił dzieła zniszczenia katedry. W 1629 Dorpat dostał się w ręce Szwedów, którzy nie wykazywali większego zainteresowania losami zrujnowanej katedry.
Podczas szwedzkiego panowania katedra nadal niszczała i była wykorzystywana aż do XVIII w. jedynie jako miejsce pochówku mieszkańców Dorpatu. Następnie służyła do składowania siana oraz jako spichrz. W latach 60. XVIII w. obie wieże rozebrano do wysokości nawy głównej i przebudowano na strzelnice dla armat. Równocześnie zamurowano główny portal wejściowy.
Uniwersytet w Dorpacie thumb|Byłe prezbiterium – obecnie Muzeum Historyczne Uniwersytetu w Tartu W 1802 miało miejsce ponowne otwarcie Uniwersytetu w Dorpacie pod nazwą Kaiserliche Universität zu Dorpat (językiem wykładowym był niemiecki). Na zlecenie cara Aleksandra I miejscowy niemiecki architekt Johann Wilhelm Krause opracował projekt przebudowy prezbiterium katedry na bibliotekę uniwersytecką. Prace trwały od 1804 do 1807. W efekcie powstała trzykondygnacyjna budowla. Krause planował również wybudowanie obserwatorium astronomicznego w jednej z wież, jednakże planów tych nie udało się zrealizować. Pod koniec XIX w. wieżę północną przebudowano na wieżę ciśnień. W latach 1927–1928 bibliotekę rozbudowano i założono w niej system centralnego ogrzewania.