Po tej akcji, na skutek niezaleczonej rany, komandor Shadwell musiał zdać w styczniu 1860 roku dowództwo okrętu i powrócić do Wielkiej Brytanii (w rok później został członkiem Royal Society), zaś John Fisher po zdaniu egzaminów został awansowany do stopnia porucznika marynarki (Sub-Lieutenant) i przeniesiony jako porucznik flagowy na parową fregatę „Chesapeake”. Wtedy również po raz pierwszy miał okazję dowodzić samodzielnie jednostką floty: admiralskim jachtem „Coromandel” w kilkudniowym rejsie z Hongkongu do Kantonu. Jeszcze w tym samym roku otrzymał promocję do stopnia kapitana marynarki (Lieutenant) i kolejny przydział, na parową fregatę bocznokołową „Furious”. Na tym okręcie, wiozącym dary cesarza Japonii Kōmei dla królowej Wiktorii powrócił do Wielkiej Brytanii w sierpniu 1861 roku.
Po powrocie do Portsmouth John Fisher musiał zdać konieczne egzaminy dla potwierdzenia swojego patentu oficerskiego. Zaliczył je ostatecznie w listopadzie 1861 roku, zajmując pierwsze miejsce wśród zdających. Zaowocowało to w styczniu 1862 roku propozycją objęcia stanowiska wykładowcy w szkole artylerii Royal Navy na „Excellent” (wówczas stary drewniany okręt liniowy, przycumowany w Portsmouth, obecnie kompleks na Whale Island o tej samej nazwie), które zajmował do marca 1863 roku.