Stronnictwo Karola Kaczkowskiego wdało się w tym czasie w ostrą walkę polityczną z ówczesnym burmistrzem miasta, Aleksandrem Wisłockim i jego otoczeniem. Głównym przedmiotem sporu był sposób zarządzania przez miasto dochodami z wykupionej w 1880 roku od Eustachego Sanguszki propinacji. Po wygraniu w 1884 roku przez jego stronnictwo kolejnych wyborów, Karol Kaczkowski stał się obiektem ataków lokalnej prasy, co najprawdopodobniej było przyczyną popełnienia przez niego 17 marca 1884 roku samobójstwa. Został pochowany w grobowcu przy głównej alei Starego Cmentarza w Tarnowie.
W 1871 ożenił się z wdową po staroście samborskim Pantaleonie Ipohorskim-Lenkiewiczu, Ludwiką (z domu Bobrownicką), był ojczymem jej czworga dzieci, w tym Katarzyny, zamężnej z Franciszkiem Vetulanim, oraz miał z nią syna Karola, który został lekarzem.
Jeszcze w 1884 roku Rada Miasta podjęła decyzję o zmianie nazwy ulicy Bankowej w Tarnowie na ulicę Kaczkowskiego. Nazwa ta przetrwała do 1975 roku, kiedy została zmieniona na ulicę Sandora Petőfiego.