W 2001 r. przełożeni Towarzystwa Jezusowego zdecydowali o powrocie do pierwotnego zamysłu pisma, mianując nowego redaktora naczelnego – Józefa Augustyna SJ. Wydawnictwo WAM zmieniło szatę graficzną, zwiększyło objętość stron. Pismo wróciło do swoich korzeni – do inspiracji ignacjańskiej. Publikowane teksty z zakresu teologii, egzegezy biblijnej, psychologii, problematyki społecznej, kultury i sztuki ujmują zagadnienia od strony egzystencjalno-duchowej.
Trzonem każdego numeru jest temat przewodni, któremu poświęca się kilka – kilkanaście artykułów. Cechą charakterystyczną tematów przewodnich jest całościowe spojrzenie na życie ludzkie. Pismo łączy życie duchowe, religijne i moralne z ludzką codziennością: z problemami emocjonalnymi, z zaangażowaniem w rodzinę, Kościół, kulturę, społeczeństwo. Kwartalnik "Życie Duchowe" współpracuje z portalem społecznościowym Prowincji Polski Południowej Towarzystwa Jezusowego Deon.pl, na którym zamieszcza wybrane artykuły z każdego numeru. Od numeru 78, Wiosna 2014, Kwartalnik ukazuje się w nowej szacie graficznej. Redaktorem naczelnym Kwartalnika w latach 2002–2014 był Józef Augustyn SJ, a w latach 2015–2021 Jacek Siepsiak SJ. Od numeru 109/2022 redaktorem naczelnym Kwartalnika jest Stanisław Łucarz SJ.