Pojęcia „duchowość jako nadprzyrodzona istota człowieka”, „dusza” i „duch” są powiązane, nie tylko etymologicznie (słowa takie jak „duch (spirytyzm)” i „dusza" pochodzą od słowa „dech”, które w zdroworozsądkowy sposób wiązano z istotą życia).
Pojęcia określające transcendencję jako byt odsyłają do mitów, religii i metafizyki. Częsty jest pogląd, że ani nauki przyrodnicze, ani psychologia nie mogą pomóc w ich poznaniu, a w szczególności rozstrzygać o ich istnieniu, może jedynie weryfikować treści i funkcje ich doświadczania. „Rzeczownikowe”, ontologiczne pojmowanie duchowości zawiera kontrowersję prowadzącą do sporów światopoglądowych, filozoficznych i religijnych (por. Grzegorczyk, Sójka i Koschany, 2006). Kontrowersja ta istnieje także w psychologii; np. antynaturalistyczna perspektywa rozumienia duchowości uznaje duchowość za odrębny (oprócz biologicznego i psychicznego), "wertykalny" wymiar osoby (Viktor Frankl, psycholodzy humanistyczni, konfesyjni, inspirowani teologicznie). Perspektywa naturalistyczna – jak dotąd mało interesująca się duchowością – odrzuca tę przesłankę jako niesprawdzalną. W odniesieniu do religii nosi ono nazwę zasady wyłączania transcendencji, sformułowanej w roku 1903 przez Theodora Flournoya (por. Wulff, 1999, s.