W starszych klasyfikacjach nawałnik białorzytny bywał uznawany za monotypowy, jednak nowsze sugerują, że H. castro obejmuje co najmniej pięć gatunków kryptycznych, występujących na pokrywających się obszarach i różniących się m.in. okresem lęgowym. Pomiędzy populacjami atlantyckimi a pacyficznymi oraz pomiędzy wszystkimi pacyficznymi występują stałe różnice w haplotypie. Nawałniki występujące w Republice Zielonego Przylądka i na Galapagos należą do odrębnych kladów, które oddzieliły się od pozostałych populacji nie później niż 150 000 lat temu. Cztery nawałniki białorzytne złapane w Zatoce Gwinejskiej były znacznie większe i miały w mniejszym stopniu biało zabarwiony kuper, co sugeruje, że należą one do odrębnego, nieopisanego dotąd podgatunku. Niekiedy za podgatunki nawałnika białorzytnego uważa się nawałnika zielonoprzylądkowego oraz nawałnika azorskiego.
Etymologia nazwy naukowej: Nazwa rodzajowa, Oceanodroma, oznacza „oceanicznego biegacza”. Pochodzi od greckich słów (okeanos), oznaczającego ocean, oraz (dromos) oznaczającego bieganie. Odnosi się ona do chodzenia i biegania po powierzchni wody w trakcie lądowania na niej. Nazwa gatunkowa castro pochodzi od lokalnej nazwy tego ptaka na Maderach na Ilhas Desertas, Roque de Castro.