W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku pozostał we Lwowie i wziął udział w obronie miastaJ. Sroka, Brześć nad Bugiem, Dzieje miasta i twierdzy, s. 119–120, wg autora ks. Matejkiewicz 1 września 1939 został mianowany „Dziekanem Generalnym Wojska Polskiego przy Naczelnym Wodzu”, lecz takiego stanowiska w Wojsku Polskim nie było. Delegatem biskupa polowego WP w Kwaterze Głównej Naczelnego Wodza był ks. dziekan Stanisław Sinkowski.. Następnie zamieszkał z siostrą w Pogorzanach (jej mąż zginął w Katyniu). Pracowała ona jako nauczycielka w Szkole Podstawowej w Szczyrzycu (którego Pogorzany były przysiółkiem). Tam ks. Matejkiewicz brał udział w tajnym nauczaniu, którego był inicjatorem i gorącym orędownikiem. Ks. Matejkiewicz stał także na czele Komitetu Budowy Szkoły w Szczyrzycu (nowy budynek został otwarty w 1948). Od powstania Związku Szczyrzyczan w 1926 ks. Matejkiewicz był także jego prezesem.
Po wojnie pozostał w Szczyrzycu, gdzie zaangażował się w założenie Prywatnego Liceum i Gimnazjum oo.