6 października 2008 roku Francuz zdobył swojego pierwszego gola dla klubu w spotkaniu rezerw Arsenalu i Stoke City.
22 września 2009 roku Coquelin rozegrał swoje pierwsze spotkanie w pierwszym zespole w sezonie 2009/10. Stało się to w meczu trzeciej rundy Pucharu Ligi Angielskiej z West Bromwich Albion, lecz już w 58. minucie Coquelin został zmieniony przez Marka Randalla. Po raz ostatni w tym sezonie w pierwszej drużynie Francuz wystąpił 24 stycznia 2010 roku podczas przegranego 1-3 meczu Pucharu Anglii ze Stoke City. W 68. minucie tego meczu został zmieniony przez Aarona Ramseya.
21 czerwca 2010 roku Coquelin zdecydował się udać na jednoroczne wypożyczenie do francuskiego klubu FC Lorient. Miesiąc później, będąc już na wypożyczeniu, zawodnik podpisał nowy, długoterminowy kontrakt z Arsenalem.
Po powrocie z Mistrzostw Świata do lat 20 do Arsenalu, Coquelin zadebiutował w pierwszym składzie przeciwko Manchesterowi United. Rozegrał 62 minuty, zanim został zastąpiony przez Alexa Oxlade-Chamberlaina.
5 lipca 2013 roku został na rok wypożyczony do niemieckiego Freiburga.
W sezonie 2025/26 występował w FC Nantes.