Kontynuację budowy kościoła realizował do 1754 Jerzy Ertli z Wilna. Przed rozpoczęciem budowy trzeba było ustabilizować grunt, przez wbicie weń 10 000 pali z drewna olchowego, ponieważ plac budowy wchodził na bagnisty teren między jeziorem Wirowym i Dejnowa. Krużganki i kaplice narożne powstały w latach 1694–1708, a dom zakonny 1695-1698. Po kasacie zakonu jezuitów i rozbiorach polski ruch pątniczy zamarł, w 1932 powrócili do Świętej Lipki jezuiciTomasz Darmochwał, Marek Jacek Rumiński: Warmia. Mazury. Przewodnik, Białystok: Agencja TD, 1996. , s. 142–144..

11 sierpnia 1968 r. kardynał Stefan Wyszyński – prymas Polski wraz z metropolitą krakowskim Karolem Wojtyłą, dokonał uroczystej koronacji obrazu Matki Bożej Świętolipskiej mieszczącej się w ołtarzu głównym bazyliki.

Architektura alt=|lewo|mały|220x220px|Krużganek i kaplica narożna Kościół ma formę trójnawowej bazyliki z dwuprzęsłowym prezbiterium, czteroprzęsłowym korpusem nawy głównej i emporami nad nawami bocznymi. Kościół jest otoczony przez czworoboczny krużganek odpustowy, z czterema kaplicami narożnymi. W niszach kaplic i balustradzie krużganka znajdują się wykonane w latach 1744–1748 czterdzieści cztery rzeźby przedstawiające przodków Jezusa Chrystusa, ich autorem jest K. Pervanger z Tolkmicka.