Pierwszy rozdział opisuje świat roślin: dziwne kwiaty, drzewa chodzące na własnych korzeniach itp. Drugi rozdział dotyczy fauny. Zawiera wiele rysunków fantastycznych zwierząt, przypominające te ze świata realnego, jak nosorożce, hipopotamy, ryby czy ptaki. Trzeci rozdział dotyczy osobnego królestwa stworzeń dwunożnych. Czwarty rozdział zdaje się dotyczyć fizyki i chemii – najbardziej niezrozumiałej części książki. Piąty rozdział opisuje fantastyczne mechanizmy i wynalazki. Szósty rozdział opisuje biologię człowieka, zawiera m.in. rysunki różnych narzędzi (jak śrubokręty lub karabiny) połączonych bezpośrednio z ciałem człowieka. Siódmy rozdział dotyczy historii, w tym opisów życia osób z podanymi datami urodzin i śmierci. Znajdują się także rysunki przedstawiające historyczne sceny. Rozdział ten opisuje także wiele obrzędów religijnych jak np. pogrzeb. Ósmy rozdział przedstawia historię języka, jaką został napisany Codex Seraphinianus. Dziewiąty rozdział opisuje rzeczy codziennego użytku oraz zwyczaje i tradycje. Dziesiąty rozdział opisuje dziwaczne gry i zabawy. Jedenasty rozdział dotyczy architektury.
Na końcu książki znajduje się indeks oraz posłowie.