Według „Gazety Wyborczej”Szymon Jadczak, Jarosław Sidorowicz Milczenie prezydenta Krakowa – GW. sąd w dwóch wyrokach zasądził 60 tys. złotych od prezydenta Jacka Majchrowskiego dla właściciela motelu „Krak” Wacława Stechnija. Gazeta poinformowała, że prezydent zapłacił już 10 tys. zł i odmówił komentarza w tej sprawie. Pieniądze te według zeznań pracowników tegoż motelu były należnością za niezapłacone rachunki za pokójPozew -Sąd Rejonowy dla Krakowa Krowodrzy Pokój w motelu..
W lipcu 2015 Jacek Majchrowski był zmuszony wycofać po kilku dniach pod presją opinii publicznej swoją nominację dla Jana Tajstera (byłego dyrektora Zarządu Dróg i Komunikacji) na stanowisko dyrektora Zarządu Infrastruktury Komunalnej i Transportu.
W marcu 2023 jako prezydent Krakowa objął patronatem targi łowieckie. Pod wpływem presji społecznej, na początku kwietnia 2023 patronat Jacka Majchrowskiego dla tychże targów łowieckich został wycofany.