Kolejną akcję antyreligijną przeprowadzono w latach 1929-1930. W owym okresie wszystkich duchownych potraktowano tak samo jak kułaków, czyli wrogów ludu. Kolektywizacje rozpoczęto od zamykania i niszczenia cerkwi (zniszczono m.in. Sobór Chrystusa Zbawiciela w Moskwie) i aresztowania duchowieństwa. Największe prześladowania religijne rozpoczęły się jednak w latach 1937-1941. W wyniku ich trwania liczba duchownych, wynosząca w 1936 roku 24 tys. osób, obniżyła się do 5 665 w 1941. Natomiast liczba obiektów sakralnych w ciągu tych pięciu lat spadła z 20 tys. do zaledwie 1000. Prześladowania religijne ustały dopiero podczas II wojny światowej. W 1943 Stalin wydał zgodę na odbudowę struktur cerkiewnych w ZSRR, a także na wybór nowego patriarchy Sergiusza (urząd ten miał vacat od 1925). Do końca życia Stalina Cerkiew Prawosławna mogła rozwijać się w miarę swobodnie. Ostrzejsze działania wobec religii powróciły w okresie rządów Chruszczowa, choć nigdy nie osiągnęły skali z lat 30. XX wieku. Późniejsze okresy charakteryzowały się słabnięciem represji wobec ludzi wierzących na skutek laicyzacji społeczeństwa radzieckiego. Było to szczególnie widoczne wśród prawosławnych Rosjan. Jedynie muzułmanie zachowali w ukryciu swoją wiarę.