Stolica Apostolska w czasie II wojny światowej wbrew postanowieniom konkordatu z Polską, lecz zgodnie z postanowieniami konkordatu z III Rzeszą (1935), włączyła w 1939 części diecezji częstochowskiej, diecezji katowickiej i archidiecezji krakowskiej, które znalazły się na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej anektowanym przez III Rzeszę, do niemieckiej archidiecezji wrocławskiej oraz ustanowiła niemieckich administratorów apostolskich diecezji chełmińskiej i archidiecezji gnieźnieńsko-poznańskiej, co stanowiło jawne pogwałcenie art. 9 konkordatu.
Postanowienia konkordatu W artykule pierwszym zagwarantowano Kościołowi katolickiemu w Polsce „swobodne wykonywanie jego władzy duchownej, jak również swobodną administrację i zarząd sprawami majątkowymi zgodnie z prawami boskimi i prawem kanonicznym”. Kościół katolicki uzyskał niemal całkowitą swobodę w obsadzie i nominacjach godności kościelnych – wpływ państwa na obsadę stanowisk kościelnych był jedynie negatywny, tj. ograniczał się do sprzeciwu wobec kandydatury, jeśli budziła ona zastrzeżenia natury politycznej.