Po ostatecznej likwidacji księstwa halicko-wołyńskiego (1392) i podziale jego terytoriów między Polskę i Litwę, nazwa „Małoruś” przestaje występować w dokumentach państwowych i kościelnych, ewentualnie dokumenty takie nie zostały zachowane.
Polskie i litewskie ziemie ruskie Nazwa „Małoruś” pojawia się ponownie na przełomie XVI i XVII wieku w związku z zawarciem unii brzeskiej (1596) i jest charakterystyczna dla kręgów prawosławnych i obozu antyunickiego. Pojawia się m.in. w pismach polemicznych Iwana Wyszeńskiego, Hioba Boreckiego, Izajasza Kopińskiego, Zachariasza Kopysteńskiego, korespondencji bractwa lwowskiego i dokumentach wojska zaporoskiego. Znaczenie użytych w tekstach nazw zazwyczaj nie jest przez autorów tłumaczone, co pozwala przypuszczać, że były one wówczas stosowane w języku potocznym ruskiej ludności prawosławnej. W okresie tym nazwa pojawia się również w relacjach urzędowych pomiędzy prawosławnymi metropoliami ruskimi (kijowską i moskiewską) oraz greckimiМала Русь, Мала Росія w: Енциклопедія українознавства, Lwów 2000, , t. 4, s. 1446..