Kształcenie oficerów w tych specjalnościach przejęła Wojskowa Akademia TechnicznaRozporządzenie Rady Ministrów z 7 czerwca 1994 w sprawie zniesienia dotychczasowych wyższych szkół oficerskich oraz utworzenia wyższych szkół oficerskich (). W 1997 rozwiązana została Wyższa Szkoła Oficerska Wojsk Łączności w Zegrzu. Kształcenie oficerów łączności podjęła Wojskowa Akademia Techniczna.
W wyniku zmian przeprowadzonych w latach 90. liczba wojskowych uczelni wyższych zmniejszyła się o połowę z 16 do 8, z tego akademii wojskowych z 5 do 4, a szkół oficerskich z 11 do 4.
Zmiany objęły również szkoły chorążych i podoficerskie szkoły zawodowe. Zmniejszenie liczby szkół oficerskich pociągnęło za sobą likwidację części szkół chorążych. Ich liczba zmniejszyła się o połowę z 21 do 11. Redukcja armii spowodowała rozformowanie części podoficerskich szkół zawodowych. Z 19 szkół zostało tylko 10. Rozwiązano prawie wszystkie licea wojskowe pozostawiając tylko Ogólnokształcące Liceum Lotnicze w Dęblinie.
Stan szkolnictwa wojskowego w 2000 Akademie wojskowe Akademia Obrony Narodowej – Warszawa Akademia Marynarki Wojennej – Gdynia Wojskowa Akademia Techniczna im. Jarosława Dąbrowskiego – Warszawa Wojskowa Akademia Medyczna im. gen. dyw. prof. dr med. Bolesława Szareckiego – Łódź