Łk 23,13.35; 24,20; Dz 3,17). W rozmowie z Nikodemem Jezus starał się pomóc mu wznieść się na wyższą płaszczyznę rozumienia spraw Bożych. Mówił o konieczności powtórnego narodzenia „z góry” (gr. anothen), niezbędnego, by ujrzeć królestwo Boże i wejść do niego. Według Jezusa jest to możliwe dzięki chrztowi, który Jezus określił jako narodzenie się nie „z ciała”, lecz „z wody i Ducha” (w. 3,5). Sprawcą tych nowych narodzin jest Duch Święty, mocniej zaakcentowany przez Jezusa niż woda. Jak zauważył Augustyn Jankowski OSB „dwuznaczność przysłówka anothen połączyła tutaj w sposób nowy Boskie pochodzenie Syna Bożego – Logosa – sprzed Wcielenia, znane z Prologu (1,1.18), ze skutkiem chrztu sakramentalnego, tam zaledwie zarysowanym ogólnikowo i w ogóle bez wzmianki o Duchu Świętym (1,12n)”. W rozmowie zestawione zostaje naturalne wydarzenie narodzenia z łona matki i odrodzenie sakramentalne w chrzcie, narodziny „z wody i z Ducha” (J 3,5). Mimo trudności Nikodema z uchwyceniem sensu słów Jezusa o narodzinach z wysoka przez chrzest, nocna rozmowa z tym jednym z duchowych przywódców Izraela okazała się owocna. Nikodem w wieczór pogrzebu Jezusa pojawił się wraz z drugim członkiem Sanhedrynu Józefem z Arymatei.