Lata 1526–1741 thumb|250px|Dzwonnica przy kościele św. Jakuba thumb|250px|Dom Wagi Miejskiej thumb|250px|Studnia thumb|250px|Kościół Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny thumb|250px|Fontanna Trytona Nysa nadal w Koronie Czeskiej pod rządami Habsburgów (dynastia Habsburgów): 1532 Wszystkie ulice Śródmieścia otrzymują bruki. 1542 Wielki pożar Nysy, w wyniku którego zniszczeniu ulega niemal całe Nowe Miasto, w tym kościoły św. Jakuba, św. Anny i św. Barbary. 1544 Odbudowa kościoła św. Barbary. 1550 Kościół św. Barbary zostaje rozbudowany przez biskupa Baltazara. 1551 W wyniku intensywnej imigracji ludność Nysy wraca po poziomu sprzed epidemii z 1521 roku. 1555 Biskup Baltazar Promnitz ufundował pierwszą drukarnię. Miasto znane jest już wówczas z produkcji papieru. 1560 Odbudowa kościoła św. Jakuba. 1572 Wybuch epidemii, która pociągnęła za sobą około dwóch tysięcy ofiar. 1575 Likwidacja gimnazjum przy kościele św. Jakuba. Utworzenie szkoły Seminarium Germanicum przez biskupa Marcina Gerstmanna. 1590 Nysę nawiedza silne trzęsienie ziemi. 1592 Następuje odbudowa uszkodzonego w wyniku trzęsienia ziemi ratusza. 1594 Powstają pierwsze nowożytne fortyfikacje, zaprojektowane przez Jana Schneidera. 1596 Z materiału na piątą kondygnację dzwonnicy przy kościele św. Jakuba wybudowano most przez Nysę Kłodzką. Na Przedmieściu Wrocławskim wzniesiono bramę św. Jakuba. 1604 Zakończono budowę Domu Wagi Miejskiej.