Nieco później, 20 września 1998 r., muzeum zostało powiększone o trzecią część – misyjną, której otwarcia dokonał bp Jan Wilk – franciszkański biskup i wieloletni misjonarz w Brazylii.
Zamieszczone eksponaty, fotografie z objaśnieniami, zachowane listy i inne pamiątki prezentują życie i działalność założyciela klasztoru oraz rozwój samego Niepokalanowa. Ekspozycje, zgromadzone w trzech salach, przygotowali pracownicy z Muzeum Miasta Pabianic, korzystając z eksponatów pochodzących z archiwum niepokalanowskiego. Wystawa otwarta jest do zwiedzania codziennie w godz. od 8.00 do 17.00.
Ekspozycje W pierwszej sali, przypominającej historię klasztoru, wita odwiedzających figura św. Maksymiliana, wykonana z brązu przez włoskiego rzeźbiarza Roberto Joppolo z Viterbo. Figura została poświęcona w czasie uroczystości kanonizacyjnych w październiku 1982 r. przez papieża Jana Pawła II. W późniejszym czasie wspomnianą figurę powielono w 4 kopiach (dla Polski, Japonii oraz Ameryki).