19 sierpnia 1995 miała miejsce jego chirotonia na biskupa oriechowo-zujewskiego, wikariusza eparchii moskiewskiej. Po uzyskaniu godności biskupiej Aleksy (Frołow) został również przewodniczącym synodalnej komisji ds. monasterów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, w grudniu tego samego roku objął dodatkowo stanowisko przewodniczącego komisji liturgicznej. 11 października 1996 został natomiast wyznaczony na przewodniczącego zarządu finansowego Kościoła, któremu prezydował do jego rozwiązania w roku następnym. Od 1997 pełnił funkcje przewodniczącego komisji synodalnej ds. ekonomicznych i humanitarnych. 29 lutego 2004 podniesiony do godności arcybiskupiej.
Był inicjatorem utworzenia fundacji „Nasledije”, a przez kilka lat kierował projektem „Russkij Lemnos”, którego celem było upamiętnienie przebywania na wyspie Lemnos w 1920 tysięcy emigrantów z ogarniętej wojną domową w Rosji. Współpracował z Rosyjskim Instytutem Studiów Strategicznych, wydał kilka prac w jego publikacjach, był także recenzentem części z nich.