W sierpniu 1939 przebywał z grupą studentów na Węgrzech, jednakże w poczuciu obowiązku wrócił do Polski i poddał się mobilizacji. Po wybuchu II wojny światowej, kampanii wrześniowej i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został aresztowany przez Sowietów w Złoczowie. Od 15 listopada 1939 więziony był w obozie w StarobielskuSławomir Kalbarczyk, Polscy pracownicy nauki, ofiary zbrodni sowieckich w latach II wojny światowej. Zamordowani, więzieni, deportowani, Warszawa 2001, s. 115.. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany potajemnie w bezimiennej mogile zbiorowej w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD, pod poz. 1434.
Losy rodziny Jego żona Mieczysława wraz z córką Martą organizowały w czasie kampanii wrześniowej pomoc ofiarom bombardowania. Marta Korompay zginęła w trakcie bombardowania Hotelu Europejskiego. Mieczysława (ps. Mieczysława) oraz córka Elżbieta (ps. Grażyna) były łączniczkami kontrwywiadu AK. W styczniu 1943 zostały uwięzione i poddane torturom. Elżbieta w więzieniu otruła się cyjankiem, pośmiertnie została odznaczona Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami i Orderem Virtuti Militari.