Kierując z Gdańska działaniami EK 16 Tröger odegrał kluczową rolę przy planowaniu i realizacji akcji eksterminacji polskiej inteligencji na okupowanych terenach Pomorza, jak również w prześladowaniach ludności żydowskiej na tym obszarze. Na początku października 1939 Tröger zorganizował w Gdańsku naradę kadry dowódczej EK 16, podczas której przekazał zgromadzonym polecenie Reichsführera-SS Heinricha Himmlera, aby „sprzątnąć polską inteligencję”. Wkrótce później na całym Pomorzu rozpoczęły się masowe egzekucje (m.in. w Piaśnicy). Jednostka Trögera zazwyczaj pełniła w ich trakcie rolę koordynującą. Członkowie EK 16 (rozsiani po pomorskich urzędach policyjnych, aresztach oraz obozach dla internowanych) tworzyli specjalne komisje, które decydowały o tym których więźniów zwolnić lub wysiedlić do Generalnego Gubernatorstwa, których skierować do obozów koncentracyjnych, a których zlikwidować na miejscu. W prowadzonych na własny użytek statystykach, Niemcy oceniali liczbę ofiar Einsatzkommando 16 na około 20 000. W rzeczywistości liczba ofiar Intelligenzaktion sięgała na Pomorzu od 30 000 do 40 000 zamordowanychObok przedstawicieli inteligencji na Pomorzu mordowano też Żydów, Polaków przywożonych z głębi Rzeszy, osoby chore psychicznie. Podnosi to ogólną liczbę osób zamordowanych w tym okresie na Pomorzu do blisko 60 000..