Ich użycie obarczone jest jednak dużym ryzykiem odrzucania nadostrego (przy braku leczenia immunosupresyjnego biorcy); brak też odpowiednich zabezpieczeń przed transferem obcych człowiekowi patogenów.
Komórkami pierwotnymi nazywamy komórki pochodzące bezpośrednio z organizmu żywego, a wtórnymi pobrane z banku komórek.
Komórki macierzyste cechują się brakiem zróżnicowania i zdolnością do nieograniczonej liczby podziałów, dających w efekcie komórki o wyższym stopniu specjalizacji. Zależnie od źródła klasyfikuje się je jako zarodkowe (uzyskane z embrionu w stadium moruli czy blastocysty) lub somatyczne (pochodzące od dorosłego organizmu); różnią się one ilością struktur, którym mogą dać początek i warunkami hodowli poza naturalnym środowiskiem. Z powodu dynamicznego rozwoju biotechnologii medycznej powyższy podział jest w pewnym stopniu umowny, gdyż istnieją techniki krzyżujące oba typy (klonowane zarodkowe komórki macierzyste, międzygatunkowe komórki macierzyste uzyskane drogą transferu jądrowego). Obecnie największe nadzieje budzą indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste, będące komórkami sztucznie odróżnicowanymi („cofniętymi w rozwoju”).