W 2000 rugbyści Juvenii awansowali na najwyższy poziom rozgrywek klubowych w Polsce. W 2003 spadli na niższy poziom (choć w tym samym sezonie awansowała do półfinału Pucharu Polski), wrócili jednak do Ekstraligi w 2005. Rok później Juvenia zyskała sponsora strategicznego – krakowską firmę deweloperską Salwator. W 2009 drużyna występująca wówczas pod marką Salwator Juvenia Kraków osiągnęła największy sukces w historii: zajęła trzecie miejsce w rozgrywkach I ligi zdobywając brązowy medal mistrzostw Polski. Uległa wówczas w półfinale rozgrywek Arce Gdynia 6:15. W tym samym sezonie ponownie zagrała w półfinale Pucharu Polski. Jednak już w tym samym roku, wskutek zaprzestania wsparcia przez Salwator, drużyna popadła w finansowe kłopoty.
W 2012 Juvenia spadła z Ekstraligi, powróciła do niej w 2014. W 2015, mimo wyników zapewniających utrzymanie się w Ekstralidze, władze Juvenii wobec kłopotów kadrowych i infrastrukturalnych podjęły decyzję o przystąpieniu w kolejnym sezonie do rozgrywek na niższym poziomie. Jednak już rok później drużyna wywalczyła powrót do Ekstraligi.