W dziewiątym sezonie, po wypadku samolotu stara się wspierać Cristinę. Gdy zaczynają prowadzić dochodzenie w sprawie katastrofy dla dobra sprawy Hunt decyduje się na rozwód. Zaskakuje to Cristinę, która wraca z Minnesoty i chce odbudować relacje z mężem. Nie wie ona. że zrobił to po to, aby sprawa o odszkodowanie ruszyła w sądzie - gdyby pozostał mężem poszkodowanej sąd mógłby oddalić pozew w związku z konfliktem interesów. Cristina się o tym dowiaduje i rozpoczyna się ich nieformalny związek. W końcu Hunt dochodzi do tego, że małżeństwo stało się głównym powodem ich wzajemnego oddalenia się od siebie. Oboje podpisują dokumenty rozwodowe, aby pozostać w wolnym związku. Gdy przed szpitalem staje wypłacenie odszkodowania ofiarom katastrofy lotniczej i Seattle Grace Mercy West Hospital bankrutuje, Owen za wszelką cenę stara się uratować szpital. Jednak doradca, którego zatrudnia zataja przed nim, co tak naprawdę, będzie się działo gdy szpital zostanie przejęty przez Pegasus. Gdy szpital wykupi fundacja Avery’ego szpital zmienia nazwę na Grey-Sloan Memorial Hospital,Hunt początkowo ma zostać odwołany, jednak po niedługim czasie nadal pozostaje szefem.