W 1880 wyjechał do Indii jako sekretarz wicekróla, po czym odbywał służbę w Chinach, na Mauritiusie i w Afryce Południowej.
Był zwolennikiem przyznania autonomii Botswanie, Afryce Południowej i IrlandiiCawthorne..., s. 137., przez co ściągnął na siebie niechęć władz brytyjskich. Belgijski król Leopold II Koburg zaoferował mu urząd gubernatora Wolnego Państwa Kongo, jednak w 1881 Muhammad Ahmad ibn Abd Allah al-Mahdi znany jako Mahdi z Sudanu wywołał powstanie w Sudanie przeciwko rządom angielsko-egipskim. Opinia publiczna w Wielkiej Brytanii głośno domagała się interwencji; Charles Gordon przeprowadził tam szybką ewakuację armii Egiptu i Anglii. W lutym 1884 Gordon przybył do Chartumu – stolicy Sudanu. Wyekspediował z miasta 2000 kobiet i dzieci, a również i chorych oraz rannych ludzi. Prawie miesiąc później – 13 marca – oddziały Mahdiego przystąpiły do oblężenia miasta.
Na skutek zwlekania władz, które dopiero w październiku 1884 przysłały wojska, Chartum został zdobyty, a Gordon i inni obrońcy miasta zginęli. Odsiecz znalazła się w Chartumie dwa dni po tym wydarzeniu. Do dzisiaj nie zostało ustalone, w jakich dokładnie okolicznościach Gordon stracił życie.