Teren ten znajdował się na obszarze państwa szwedzkiego.
Właściwe miasto zostało założone 12 czerwca 1550 roku przez króla Gustawa Wazę w celu przeciwwagi dla Tallina w handlu bałtyckim. Pierwszymi osadnikami byli lokalni kupcy z Porvoo, Tammisaari, Raumy i Ulvilii oraz kupcy z Niemiec i Holandii. W 1571 r. miasto liczyło 571 mieszkańców, czyniąc z niego jedno z największych osad miejskich ówczesnej Finlandii. W planach Gustawa Wazy Helsinki miały zostać bazą dla szwedzkiej floty wojennej oraz punktem obronnym południowego wybrzeża Finlandii. Pierwsze wojska szwedzkie przybyły w 1554, jednak z powodu pijaństwa oraz nagannego zachowania żołnierzy, król postanowił wycofać armię z miasta. Podczas wojen z Rosją w XVI wieku miasto popadało w coraz większy kryzys gospodarczy. 12 października 1639 r. wydano dekret, w którym nakazano zasiedlać tereny na południe od osady.
W XVII w. handel ogrywał znaczącą rolę w ekonomii miasta. Przez miasto eksportowano ryby, futro i żelazo. W 1713 r. miasto zostało doszczętnie zniszczone przez Rosjan podczas oblężenia. W 1710 epidemia dżumy zdziesiątkowała populację miasta. W 1748 roku wybudowano twierdzę Suomenlinna. W 1808 r. pożar zniszczył znaczną część Helsinek.