Zakole Wisły powstało około 14–12 tys. lat temu, u schyłku zlodowacenia bałtyckiego, po skierowaniu wód płynących pradoliną Toruńsko-Eberswaldzką w dawną rynnę polodowcową (sandrową) na linii Chełmno–FordonAugustowski Bolesław. Charakterystyka geomorfologiczna. [w.] Dolina Dolnej Wisły. Wydawnictwo Polskiej Akademii Nauk 1982. Ossolineum, Wrocław-Warszawa-Kraków-Gdańsk-Łódź, s. 61–79. .. Przez około tysiąc lat odpływ wód roztopowych lądolodu i zmieszanych z nimi wód rzecznych płynących Wisłą z południa Polski, odbywał się zarówno na zachód pradoliną Noteci-Warty, jak również na północ doliną dolnej Wisły (tzw. bifurkacja Wisły). Stosunkowo niski wówczas poziom wód kształtującego się Bałtyku (Bałtyckie Jezioro Lodowe), który był bazą erozyjną dla doliny Wisły, spowodował silne wcinanie się rzeki w dolinie kierującej wody na północ. W tej sytuacji odpływ wód Prawisły na zachód ku systemowi Odry i Morzu Północnemu został całkowicie zahamowany, na rzecz odpływu północnego.