Zmarł w Warszawie, pochowany z honorami 28 sierpnia 1986 na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 26-6-27). W imieniu władz państwowych w pogrzebie uczestniczyli: członek Biura Politycznego Komitetu Centralnego PZPR prof. Tadeusz Porębski, wicepremier Manfred Gorywoda i prezes PAN prof. Jan Karol KostrzewskiPogrzeb profesora Witolda Nowackiego, "Rzeczpospolita", nr 201, 29 sierpnia 1986, s. 2..
Życie prywatne Od 1936 był mężem Janiny z domu Sztaba (1912–1999), farmaceutki. Ojciec Jerzego, Wojciecha Krzysztofa (1938– 2009), profesora zwyczajnego, pracownika PAN, i Danuty Urszuli (1953–2008), dziadek Barbary Nowackiej, teść Izabeli Jarugi-Nowackiej.
Ordery i odznaczenia Order Budowniczych Polski Ludowej (21 lipca 1977)„Nowiny”, nr 165 (8951), 22-23-24 lipca 1977, s. 2. Order Sztandaru Pracy I klasy (lipiec 1964)Lista odznaczonych, „Trybuna Robotnicza”, nr 170, 20 lipca 1964, s. 2. Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski