W dniach 24-25 marca 1939 roku ośrodek przeprowadził mobilizację wymienionych wyżej pododdziałów, które zgodnie z planem operacyjnym „Zachód” weszły w skład Armii „Pomorze”.
16 bsap w kampanii wrześniowej Formowanie batalionu rozpoczęto od 12 sierpnia 1939.
W czasie kampanii wrześniowej batalion z drużyną przeprawową pionierów piechoty walczył w składzie macierzystej dywizji, między innymi w bitwie nad Osą i nad Bzurą. 1 września 1939 roku w czasie krótkiego postoju w Pokrzywnie pluton został ostrzelany z broni maszynowej przez polski samolot. Trzech saperów zostało rannych, w tym jeden ciężko. Dowódca batalionu rozkazał by pluton chemiczny w czasie marszu i postoju pozostawał w pewnej odległości od pozostałych pododdziałów z uwagi na posiadany iperyt. 17 września 1939 roku Załuskowie na pisemny rozkaz dowódcy batalionu został zniszczony cały sprzęt i środki chemiczne plutonu z wyjątkiem wozówBernard Bednarski, Sprawozdanie ..., s. 13, 15..
13 września 1992 dziedzictwo tradycji 16 batalionu saperów przyjął 47 batalion saperów z Tczewa.