Rozmnażanie thumb|left|Samica nosząca jaja na grzbiecie Samce F. pygmaeus nawołują, przy czym u zwierząt tego gatunku wydają pojedynczą grupę odgłosów, co odróżnia go od pokrewnych Flectonotus goeldii i Flectonotus fitzgeraldi, u których występują dwie lub trzy takie grupy. Ostatni z wymienionych wydaje się bliżej spokrewniony z gatunkami brazylijskimi, choć też żyje w Wenezueli. Sądzi się, że F. pygmaeus stanowi grupę zewnętrzną względem czterech pozostałych przedstawicieli swego rodzaju.
F. pygmaeus należy do płazów, u których w oogenezie spotyka się komórki wielojądrzaste. Jedna niedojrzała komórka jajowa może mieścić nawet 2000 mejotycznych jąder, powielających w różnym stopniu swe DNA rybosomalne. Gdy jajo osiągnie średnicę 0,5 mm, dzielą się one na dwie grupy. Kilkaset położonych zewnętrznie powiększa się, następnie ich liczba zaczyna się zmniejszać. Jądra wewnętrzne zanikają. Mierzący 1,2 mm oocyt dysponuje już tylko kilkoma dużymi jądrami. W końcu pozostaje z nich tylko jedno, prawdopodobnie to o największej zawartości rybosomalnego DNA. Dojrzały oocyt ma już tylko jedno jądro. Mierzy 4,4 mm średnicy.