W 1912 otrzymał awans na majora. W listopadzie 1912 po raz pierwszy trafił do Albanii, jako przedstawiciel Holandii, reprezentował swój kraj jako attaché także w Czarnogórze i Serbii. Po powrocie do Holandii otrzymał przydział do 12 pułku piechoty. W 1913 mocarstwa europejskie skierowały do Holandii oficjalną prośbę, aby podjęła się zadania organizacji żandarmerii w powstałym niedawno państwie albańskim. Propozycję udziału w misji albańskiej przedstawił Thomsonowi jego przyjaciel, ówczesny minister wojny − Hendrikus Colijn. Do wyjazdu do Albanii wyznaczono 17 oficerów, na czele misji stanął dowódca 3 pułku artylerii polowej płk Willem de Veer. Stanowisko jego zastępcy otrzymał Lodewijk Thomson, który wkrótce otrzymał awans na podpułkownika. 10 listopada 1913 Thomson dotarł do Wlory.
Pierwsze miesiące pobytu w Albanii Thomson poświęcił szkoleniu oddziałów albańskich, a także przejmowaniu kontroli nad południową częścią kraju, do której pretensje zgłaszali Grecy. W maju 1914 w środkowej Albanii doszło do wybuchu powstania muzułmańskich chłopów, wrogich wobec rządów protestanckiego księcia Wilhelma von Wieda, kierowanego przez Haxhi Qamiliego. 18 maja buntownicy dotarli do Durrësu, które pełniło funkcję stolicy, ale zostali odparci przez oddziały rządowe, dowodzone przez Thomsona.