W 1927 r. Stanisław Zacharjasiewicz odszedł z Polskiego Narodowego Kościoła Prawosławnego. Przeniósł swoją działalność do Wołomina, gdzie dalej zajmował się udzielaniem rozwodów i błogosławieniem małżeństw osób rozwiedzionych. Ogłosił się zwierzchnikiem Polskiego Kościoła Narodowego. Pod koniec 1930 r. wyjechał do Pragi, gdzie podporządkował się jurysdykcji modernistycznego Kościoła Czechosłowackiego. 10 grudnia 1930 r. został nominowany i ordynowany biskupem przez patriarchę CČS, Gustawa ProcházkęGość Niedzielny 4/1931.. Prowadził misję CČS wśród Czechów wołyńskich, która był konkurencyjna wobec działalności Kościoła Prawosławnego Czechosłowacji na Wołyniu.
Z czasem ponownie stwierdzono u niego objawy choroby psychicznej. Został pacjentem szpitala św. Jana Bożego w Warszawie. Zmarł w 1933 r. w szpitalu Przemienienia Pańskiego w Warszawie. Po śmierci rodzina odmówiła odbioru jego ciała i pogrzebania. Z uwagi, że nikt się po nie zgłosił, przekazano je do celów naukowych. Zostało ono zakonserwowane w formalinie i stało się preparatem w gabinecie anatomii opisowej Zakładu Anatomii Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. W sprawie interweniował wówczas proboszcz warszawskiej parafii św. Jozafata, Mieczysław Krygier.